Você está usando o mesmo nome de domínio para ambos, mas uma porta diferente?
O problema pode ser que o caminho do cookie é o mesmo para ambos os sites, para que o seu cookie de login seja substituído pelo outro site sempre que você fizer login.
Acho que você deseja alterar o 'auth.cookiePath' para algo diferente do valor padrão em uma de suas duas implantações de gerrit para que os cookies sejam exclusivos.
Se você estiver usando SSL para ambos os sites, a configuração 'auth.cookieSecure' como 'true' também poderá resolver seu problema.
Acho que o arquivo de configuração está localizado em '/etc/gerrit.config'
Referência: link