As máquinas Linux e Windows têm tempos limite de disco diferentes. Em poucas palavras - o Debian tolera certos tempos limite de armazenamento que o Windows Machine não suporta. A maneira mais fácil de diagnosticar se esse é o caso seria migrar uma das caixas do Windows para o armazenamento local do host do Hyper-V e monitorar sua estabilidade.
Outra questão pode ser misturar equipes e iSCSI. Eu sugiro fazer uma comparação de latência entre a conexão LACP e uma conexão Multipath com o mesmo QNAP LUN. Para o multipathing iSCSI correto, suas 2 portas NIC precisam estar em 2 sub-redes diferentes. Você também precisa ter o recurso MPIO instalado no lado do iniciador, bem como ativar o suporte a MPIO para dispositivos iSCSI (Iniciar > MPIO > Descobrir caminhos múltiplos) > Caixa de seleção Ativar suporte a MPIO para dispositivos iSCSI (requer reinicialização)