Não há maneira atual de fazer isso. Sua melhor aposta é desabilitar o salvamento automático dos arquivos do gedit (suponho que seja o aplicativo que você está usando):
Impeça que o gedit crie arquivos com o '~' (til) sufixo
Além disso, vote nesta solicitação de recurso com o Dropbox para a opção:
EDIT: o link acima é quebrado quando o Votebox for descontinuado. Você pode querer ir aqui em vez disso: link
Se eles implementarem isso, ele deve funcionar para seus usos (o arquivo ext seria apenas ~)