Tivemos problemas semelhantes em nosso ambiente baseado em Cisco. Os servidores Cisco NTP podem estar rejeitando as solicitações dos servidores Windows devido ao "modo" que estão usando para sincronizar a hora. Não estou muito familiarizado com as complexidades do protocolo NTP, mas este KB875424 explica um pouco melhor do que Eu posso.
Essencialmente, o Windows usa o modo "simétrico ativo" por padrão e você precisa dizer para usar o "modo cliente".
Para cada entrada em sua lista de servidores NTP, adicione ,0x08
ao final dela. Então, ntp.example.com
se torna ntp.example.com,0x08
. Com várias entradas, ntp1.example.com ntp2.example.com
se torna ntp1.example.com,0x08 ntp2.example.com,0x08
P.S. Eu percebo que o artigo da KB é para 2003, mas é aplicável a 2008 e além.