Não há "uma resposta" aqui, depende dos seus objetivos.
Para itens como os Serviços de Domínio Active Directory, você deve executar apenas o AD DS, o DNS e (se realmente precisar fazer isso) WINS em um Controlador de Domínio.
Para outros servidores, salvo um problema de compatibilidade ou outra recomendação específica do fornecedor, você pode misturar e combinar com base em restrições de desempenho e hardware. Por exemplo, um servidor MDT tem o potencial de consumir muita largura de banda de rede, portanto, eu não gostaria de colocar o File Services ou o SQL Server na mesma caixa, pois há o potencial de impactar negativamente o desempenho. Além disso, ter servidores de finalidade única torna a atualização mais fácil, pois você só precisa corrigir um aplicativo ou função por vez, para ter um ambiente mais modular.
Por outro lado, quanto mais servidores você tiver, mais recursos você estará dedicando à execução do sistema operacional subjacente. Você também tem mais servidores para corrigir, manter, fazer backup e, de outra forma, proteger.
Portanto, para os seus servidores mais críticos, você provavelmente deve mantê-los modulares. Para servidores de nível 2 e 3, isso realmente depende.