Mesmo se você tiver o IE11 instalado no computador em que você está executando o Console de Gerenciamento de Diretiva de Grupo, o gerenciamento das preferências de diretiva de grupo do IE11 não funcionará. Sua melhor opção seria usar o GPMC em um computador com Windows 8.1 / Server 2012 R2.
Observe que a instalação do IE11 deve instalar arquivos de modelo atualizados na pasta PolicyDefinitions para você. (Você precisaria copiar o Repositório Central manualmente se você usar isso).
Modelos administrativos e Internet Explorer 11
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"Quando você instala o Internet Explorer 11, ele atualiza os arquivos administrativos locais, Inetres.admx e Inetres.adml, ambos localizados na pasta PolicyDefinitions."
Existem algumas configurações de política adicionais que exigem modelos atualizados (como o Modo Empresarial), mas isso não deve afetar a capacidade de usar o GPP.
Como configurar as preferências de Diretiva de Grupo para o Internet Explorer 11 no Windows 8.1 ou no Windows Server 2012 R2
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Aqui está um exemplo de GPO em 2012 R2:
EomesmoGPOquandovistoem2008R2comoIE11eosarquivosatualizadosinetres.admxeinetres.adml: