Meu conselho seria seguir este procedimento geral:
0) backup de tudo
1) pense no que você está planejando fazer com DNS e DHCP (se eles estiverem no mesmo servidor Windows)
2) rebaixe o esquema de 2012 para 2008R2
3) adicione o servidor Samba4 como um controlador de domínio secundário (provavelmente usando DNS interno)
4) espere até que o esquema (e DNS) se replique no servidor Samba4
5) transferir todas as funções FSMO para o servidor Samba4 (isso é arriscado, a partir da minha experiência, o servidor Windows pode não gostar)
6) nomes DNS atualizados, se necessário
7) não se esqueça de atualizar / instalar o servidor DHCP
Depois disso, você será capaz de desligar seu servidor Windows e seus usuários não devem notar nada.
Note que toda essa operação não é o cenário de "melhor prática" e há muitas coisas que podem dar errado, então faça isso à noite e pense no plano de recuperação quando tudo de repente parar de funcionar sem qualquer saída de log. Eu fiz isso uma vez com o Windows 2008 e funcionou, mas lembro-me de ser uma experiência muito desagradável. Então, boa sorte:)