Além da resposta de Jon, você estará procurando por algo assim:
:start
SET /P fold= Enter the Project name:
ECHO.
CHOICE /M "Is this correct: %fold%"
IF %ERRORLEVEL% equ 2 CLS & GOTO start
ECHO.
robocopy "project folder\Template" "project folder\%fold%" /MIR /SEC /XX /A-:H >nul 2>nul
Há outras coisas que você pode adicionar, como mensagens de erro personalizadas, uma pequena pausa com informações sobre sucesso / fracasso etc., mas isso deve abranger o básico. /MIR
manipula a cópia da estrutura de pastas, /SEC
copia as permissões, /XX
diz para não excluir os arquivos existentes se eles acidentalmente digitarem um nome de projeto que já existe, /A-:H
remove o atributo oculto (assim você pode ocultar a pasta de modelos), e o >nul 2>nul
apenas oculta a maior parte da saída. Altere a origem e o destino conforme necessário e você basicamente tem o script que Jon menciona em seu comentário.
Agora, tudo o que você precisa fazer é garantir que sua pasta de modelos tenha a configuração de permissões correta. Eu recomendaria o SetACL Studio de Helge Klein se você tiver mais do que apenas um punhado de pastas para trabalhar. É muito mais rápido do que abrir todas as páginas de propriedade para cada pasta.