Tente instalar o gnome-tweak-tool via terminal:
sudo apt-get install gnome-tweak-tool
Então comece com
gnome-tweak-tool
no terminal e vá para as configurações de fonte. Configure as fontes para "Ubuntu" com tamanho de fonte "11" e para títulos de janela "Ubuntu Bold".
A propósito: O que você descreve deve ser um bug, mas com essa solução você pode ter suas fontes definidas como padrão.