Ambos executam os mesmos comandos sob o capô, então você terá a mesma atualização de qualquer forma.
A principal vantagem do método de linha de comando é que ele facilita a exibição de erros / avisos que possam ocorrer, portanto, os usuários avançados podem corrigi-los rapidamente. A desvantagem disso é que os erros específicos costumam ser confusos / assustadores, e o método da GUI faz um trabalho muito melhor de explicar as coisas e como corrigi-las. O método GUI deve ser recomendado para a maioria das pessoas, especialmente para novos usuários.