Não espere o mesmo desempenho usando o Wine comparado ao Windows. O vinho, como você provavelmente sabe, é usado para emular todas as camadas necessárias para executar aplicativos do Windows, nunca será o mesmo que você tem em um sistema Windows.
Para aumentar o FPS, sugiro que todas as suas sessões de jogo sejam executadas no Unity2D, o que é importante porque você não tem a área de trabalho composta como parte do desempenho da sua placa gráfica.
Para o World of Warcraft, como você disse, mudar de D3D para OpenGL ajuda na maioria dos casos, no final você terá que diminuir as opções de detalhes gráficos para rodar o jogo.
Tente uma resolução mais baixa, diminua um pouco os detalhes gráficos e até que fique satisfeito com o desempenho.
Quando joguei World of Warcraft no meu sistema Ubuntu, notei duas coisas sempre: lag e ping para o servidor era muito melhor e a qualidade dos gráficos sempre tinha que ser muito menor do que a que eu usava no Windows.