Quando você reaprende SpamAssassin que uma mensagem deve ser spam, ela deve passar a mensagem do spam para spam ou spam para ham. O problema é que o SpamAssassin aprende sobre a mensagem em seu host de retransmissão, mas quando ela é encaminhada para o seu servidor Exchange, os cabeçalhos mudam desde a adição de uma linha Recebida. Você pode tentar adicionando o seguinte à sua configuração do SpamAssassin:
bayes_ignore_header Received
Isso faria com que o SpamAssassin ignorasse os cabeçalhos Recebidos ao usar a filtragem Bayesiana. Pessoalmente, eu não sou realmente a favor disso, pois restringe o filtro Bayesiano que ele vê e o que eu posso usar para determinar se algo é spam ou spam.
Sobre ativar o autolearning é algo que você pode querer reconsiderar. Na maioria dos casos, isso irá poluir o seu banco de dados, já que mais mensagens de spam e spam serão erroneamente marcadas. Se você quiser treinar seu banco de dados com as últimas mensagens de spam e spam, é aconselhável configurar uma conta de spam e spam que receba mensagens confiáveis que possam ser marcadas como spam ou spam e aprender tudo a cada X horas / minutos. Mas isso é uma configuração mais difícil que requer algum tempo antes de funcionar corretamente.