Você tem configurações do escopo do servidor na parte superior de cada um desses arquivos, quando elas devem se aplicar apenas ao host virtual ao qual elas são relevantes.
Especificamente, você precisará mover PassengerAppRoot /usr/share/puppet/rack/puppetmasterd
para o bloco <VirtualHost *:8140>
, já que agora também está sendo aplicado ao serviço do painel.