Este problema é causado pelo Plesk 12, que não suporta mysqlnd . Parece que funciona com o mysqldn apesar de não ser oficialmente suportado. Não é recomendável modificar essas configurações em um ambiente de produção. É um hack feio, mas pode ser feito.
Você precisa modificar o pacote .deb e remover a dependência conflitante. Obtenha o pacote .deb e extraia-o em um diretório temporário:
dpkg-deb -x psa-php5-configurator_x.x.x-x_x.deb tmp_dir
dpkg-deb --control psa-php5-configurator_x.x.x-x_x.deb tmp_dir/DEBIAN
Agora você pode editar o pacote como desejar e, em seguida, reembalá-lo e instalá-lo:
dpkg -b tmp_dir psa-php5-configurator_my-ugly-hack.deb
sudo dpkg -i psa-php5-configurator_my-ugly-hack.deb
Por favor, note que como é um hack feio, você precisa fazê-lo novamente em cada atualização do Plesk. Boa sorte no caminho que você escolheu.