Você não deve se preocupar com o fato de seu código-fonte não parecer "profissional" - muito poucas pessoas veem a origem.
Eu não acho que há uma maneira de fazer isso através do Apache, e se há uma maneira que definitivamente não é uma boa idéia (desempenho e geralmente).
Se você deseja remover os comentários em lote dos seus arquivos de origem, recomendamos o uso de sed com o padrão s/<!--.*-->//g
:
cd /path/to/website
find . -type f -print0 | xargs -0 sed -i 's/<!--.*-->//g'