Você pode encerrar todas as sessões compartilhadas emitindo -O exit
do lado do cliente.
ssh -O exit masterhostname
Infelizmente, não há maneira de encerrar uma sessão específica e deixar os outros em execução.
Geralmente, as sessões terminam naturalmente quando a sessão é encerrada (EOF). Túneis feitos usando -L e -R estão sempre atentos a novas sessões e não há como indicar que devem parar de escutar.