Desinstale as versões antigas do kernel que você não está mais usando. Eu normalmente mantenho as últimas duas ou três versões instaladas e removo as mais antigas. Então, por exemplo, você pode correr
apt-get purge linux-image-3.13.0-{24,35,36,37,39,40}-generic
Quando você fizer isso, os arquivos antigos listados acima serão removidos de / boot.