Isso pode acontecer se você excluir arquivos grandes que um processo tenha aberto (por exemplo, arquivos de log grandes são um exemplo comum). Se o aplicativo não reabrir os arquivos, o identificador de arquivo antigo permanece e o espaço não pode ser recuperado.
Se você souber qual arquivo foi excluído e qual processo é o proprietário deles, tente reiniciar o processo. Ou reinicie seu servidor e o espaço deve ser liberado depois disso