Em última análise, um arquivo WIM é apenas um tipo de formato de imagem de disco. As ferramentas disponíveis da Microsoft para manipular um WIM off-line basicamente consistem em montar a imagem, fazer alterações nos arquivos internos e desmontar a imagem ao confirmar as alterações. Existem alguns recursos adicionais que permitem pré-instalar drivers e hotfixes ou service packs da Microsoft. Mas não há uma maneira real de executar um instalador típico de aplicativos no arquivo WIM montado.
Se você sabe exatamente para o que o instalador pretendia, você poderia, hipoteticamente, fazer as alterações necessárias no sistema de arquivos e modificar o registro usando um editor de registro offline. Mas é provavelmente mais problema do que vale a pena.
A maioria das pessoas usa WIMs em conjunto com as ferramentas de implantação do Windows, como o MDT (Microsoft Deployment Toolkit) e SCCM como você mencionou anteriormente. O MDT é realmente gratuito, muito mais leve que o SCCM e suporta o mesmo tipo de sequências de tarefas que o SCCM.