Enquanto a unidade não fizer parte de uma matriz RAID ativa, não estiver no RAID 0 e não estiver sendo acessada no momento, você poderá substituir as unidades com falha, sem problemas. O SATA é hot-pluggable e hot-swappable.
Você está usando um controlador RAID de hardware ou o RAID falso embutido em algumas placas-mãe?