Quando você tem vários sites usando certificados SSL separados, há uma extensão SSL chamada SNI que permite que o cliente e o servidor negociem qual nome de host deve ser verificado.
Para que o s_client use o SNI, você precisa especificá-lo na linha de comando com a opção -servername
.
Exemplo:
openssl s_client -connect example.com:443 -servername www.example.com