Claro, se você estiver disposto a dedicar algum tempo a isso, receio. Relatórios de bugs para os programas seria um bom primeiro passo, no entanto.
Como solução alternativa, você pode usar o devilspie como descrito aqui , mas definindo o tamanho da janela em vez do espaço de trabalho.
Um script simples chamado por meio de uma tecla de atalho que usa o wmctrl também pode funcionar.
Mas eu ainda acho que você deve fazer relatórios de bug de solicitação de recurso, para que esse tipo de hack não seja necessário.