O sinalizador -f para o apachectl permite iniciar várias instâncias com diferentes configurações, por exemplo:
apachectl -f /etc/httpd-1.conf start
apachectl -f /etc/httpd-2.conf start
Enquanto isso, dentro das definições do site nesses arquivos, a seguinte diretiva
PHPINIDir /etc/php1
dirá mod_php na instância em que você está configurando onde procurar por php.ini
Eu também lhe direi por experiência que você provavelmente não quer fazer isso por muito tempo.
Agora, fazer isso funcionar com os scripts de inicialização do sistema pode ser um aborrecimento; O FreeBSD do IIRC e as coisas derivadas do Debian fazem com que seja relativamente menos doloroso, mas as coisas derivadas do RedHat são menos dolorosas. Pessoalmente, eu sugiro manter seu servidor de produção como o controle de initscripts, e executando o servidor de teste manualmente com o apachectl, etc.