O exemplo nesta página parece sugerir para passar o --defaults-file=./my.default.cnf
como uma opção para o pt-stalk.
Portanto, atualize sua variável $MYSQL_OPTS
para ter isso como um valor, provavelmente dando o caminho absoluto para você um arquivo de configuração mysql (.my.cnf) armazenado em algum lugar que o comando pt-stalk possa ler.