Você parece ter adicionado fontes de software que não são os repositórios oficiais do Ubuntu. É muito provável que você queira "Adicionar um PPA".
O método imediato para se livrar do seu problema é fazendo o seguinte: no menu do Ubuntu, procure por 'Software Sources' e carregue-o. Em seguida, na guia "Outro Software", veja quais caixas de seleção estão marcadas ou não. Desmarque todas as caixas em "Independente", "Independente" sendo excluídas. Execute o Gerenciador de Atualizações novamente, isso deve funcionar.
Se você ainda quiser adicionar PPAs, siga estas instruções: O que são os PPAs e como usá-los? . De qualquer forma, seja bem-vindo ao Ask Ubuntu!