Se eu entendi a pergunta corretamente, você deseja criar um cluster SQL de duas VMs em execução no Hyper-V em hosts Hyper-V do Windows Server 2012, correto?
Para usar discos compartilhados (que você precisa), você tem duas opções: 1. Canal de Fibra Virtual 2. Iscsi
O canal de fibra virtual permite pegar uma SAN existente e apresentá-la a uma VM da mesma maneira como você a apresenta a um host físico. Existem alguns pré-requisitos, portanto, sua SAN pode não suportar isso. Uma boa descrição pode ser encontrada aqui: Guia de design de canal de fibra virtual do Hyper-V
Para o iscsi, você pode simplesmente apresentar sua SAN como um destino Iscsi para os clientes. Sua SAN pode ser capaz de fazer isso nativamente, ou talvez seja necessário apresentar a SAN para algum tipo de NAS, o que torna o armazenamento novamente acessível por meio do iscsi. O Windows Server pode fazer isso, e tenho certeza que qualquer distribuição Linux também pode fazer isso.
Editar: Usando o Hyper-V no Windows Server 2012R2, que está ao virar da esquina, você pode implementar arquivos de disco vhdx compartilhados, desde que o vhdx resida em uma pasta compartilhada SMB3. Isso é descrito aqui: Como funciona o arquivo VHDX compartilhado? recurso no trabalho do Windows Server 2012 R2?