No CentOS você precisa copiar /usr/share/doc/MySQL-server-5.6.10/my-default.cnf para /etc/my.cnf e você terá que fazer alterações em my.cnf conforme seu servidor configuração, depois de todas as alterações no my.cnf para refletir você precisa reiniciar o servidor mysql.
Parece que você tem problema com sua permissão no mysql datadir. Execute abaixo do comando
mysql_install_db
Este comando irá verificar sua configuração do mysql e descobrir os erros. Quando isso for feito
chown -R mysql:mysql /path to your mysql data dir ( default is /var/lib/mysql)
service mysql restart