É possível que você tenha excluído muitos arquivos, eles não estão no disco, mas o processo ainda os mantém abertos. Reinicie o processo que você acha que está aberto. Às vezes, apenas um kill -HUP
faz isso.
Para localizar os processos que possuem arquivos neste sistema de arquivos aberto, use fuser -c <filesustem>
ou lsof +L1 | grep <filesystem>