O ntpd tem alguns limites de segurança baseados no tamanho da discrepância entre a hora local e a hora da rede. Se a discrepância for muito grande, o ntpd não atualizará a hora. Então é melhor você definir a hora do sistema o mais correta possível (após parar o ntpd) com:
/etc/init.d/ntp stop
date +%T -s "hh:mm:ss"
/etc/init.d/ntp start
Espero que isso corrija o problema