Se você precisar mesclar instantâneos com frequência, considere seriamente a atualização para o Server 2012, onde Hyper-V é capaz de mesclar instantâneos excluídos ao vivo ( você não precisaria desligar a VM usando o VHD / AVHD mais.
Com o Server 2008 (R2), você certamente pode usar o Powershell ao seu gosto usando uma variação de
gwmi -Namespace root\virtualization -query "select * from Msvm_ConcreteJob" | Where {$_.ElementName -eq 'Merge in Progress'}
para verificar o processo de mesclagem no qual você está interessado e inicie a VM posteriormente usando Start-VM
.