Você precisa criar um alias de localização para a sua instalação munin. Não há link automático entre o seu servidor e o diretório de documentos do Munin.
Tente adicionar algo assim ao virtualhost nginx para o qual você deseja acessar /munin/
.
location /munin/ {
alias /var/cache/munin/www/;
}
Esse caminho, /var/cache/munin/www/
é o caminho padrão da munin no Ubuntu 12.04 e pode ser um caminho diferente em seu sistema.