Alguns pontos:
- O fato de esses servidores serem servidores Apache é discutível. Isso não tem relação com a resposta.
- Se você não tiver acesso SSH, isso será impossível de ser feito remotamente. Você precisará fazer o download dos arquivos, verificar e modificar localmente e, em seguida, enviá-los novamente.
Existe uma possibilidade se você geralmente sabe a localização dos arquivos que você pode escrever um script usando ncftpget / ncftpput para baixar os arquivos, verificá-los e modificá-los localmente e, em seguida, fazer o upload, se alterado. Dependendo de quantos arquivos e servidores você está falando, isso vai levar uma eternidade.
Eu acho que uma solução melhor é instalar o ssh para que você tenha acesso de administrador ou, se não considerar seriamente a alteração de sua infraestrutura para permitir o acesso de administrador e não apenas o acesso no nível do usuário.
Com o ssh isso seria quase trivial para executar com um script de shell pequeno.
Caso contrário, aperte o botão, haverá muitos cliques para corrigir seus arquivos.