Acabei de jogar com o Modsecurity 2.7.1 no IIS e consegui isso usando Incluir "c: /yourpath/modsecurity_crs_10_setup.conf" no seu arquivo conf base e também usando um Incluir para puxar as base_rules dentro do arquivo modsecurity_crs_10_setup.conf.
Apenas um aviso, porém, achei o ModSecurity / IIS muito escasso, especialmente usando o conjunto de regras OWASP. Ele matou meu AppPool várias vezes.
Além disso, tive o mesmo problema como você, onde o SecRequestBodyAccess impede que o ASP.NET receba os dados do POST. Eu não estou usando o MVC, então eu suspeito que não esteja relacionado especificamente ao MVC.