O Ubuntu One não é uma ferramenta adequada para executar o controle de versão dos códigos-fonte. A razão para isso é que ele não sabe nada sobre o conteúdo dos arquivos e trata cada arquivo como um blob binário opaco - ou seja, se ambas as versões de um arquivo foram modificadas, ele não tem como mesclá-las para fazer algo significativo além de marcá-las como conflitante.
Para qualquer formato de arquivo baseado em texto e especialmente para fontes de programas, eu recomendaria strongmente usar um sistema de controle de versão apropriado - que, além da capacidade de mesclar arquivos, possui muitos outros recursos especificamente projetados para esse tipo de trabalho distribuído ( por um lado, mesmo se algo der errado, você sempre pode reverter para uma versão anterior de um arquivo).
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