Em vez de matar cegamente os processos do Apache, você deve procurar recursos que os limitem para evitar os picos. Talvez configurando limites via /etc/security/limits.conf (o que é chamado em sistemas de tipos RH, não tendo certeza de qual é o equivalente da Debian), usando setrlimit, (ou talvez alguma outra maneira de limitar o uso de recursos do processo que eu não estou ciente de). Poxa, apenas definir um MaxClients no Apache pode fazer o truque.