Você está usando o Server 2012? Tecnicamente, o Hyper-V nas versões anteriores não suporta CIFS / SMB porque as sessões do protocolo não são realmente tolerantes a falhas. O iSCSI é provavelmente uma opção melhor para o seu caso de uso e é muito bem suportado na NetApp.
Se você estiver interessado em usar o SMB 3.0 com o Hyper-V no Server 2012, você poderá participar do programa beta da NetApp aqui: link
Também para responder à pergunta original, você pode adicionar usuários / senhas diretamente ao Data ONTAP que não fazem parte de um domínio. Então você precisa se conectar como "MyStorage \ SomeUser". Duvido que isso seja possível com o Hyper-V e você não seria compatível com a NetApp & Microsoft, mesmo que funcionasse.