Este não é um comportamento normal, não, o próprio shell mongo é bastante leve e deve consumir muito poucos recursos, a menos que você esteja executando algo complexo em termos de javascript. Uma conexão simples com uma instância mongod não deve causar esse tipo de problema. Apesar de executar o shell e mongod em várias VMs, nunca vi esse comportamento, por isso não posso sugerir o que pode estar causando isso.
Como recomendação geral, eu não usaria o 2.0.4, ele seria um ano de idade, e foi substituído por 5 versões secundárias na ramificação 2.0 (no momento de escrever isso) e por duas versões principais (2.2 e 2.4). Assim, você pode estar correndo em um bug antigo que não estou me lembrando. No mínimo eu recomendaria pegar 2.0.9 e preferencialmente usar 2.4.4 +