Você precisa primeiro verificar o navegador e definir uma variável de ambiente. Então, a variável de ambiente torna-se a condição sobre a qual você pode agir, configurando o cabeçalho ou - caso deseje - fazer outras coisas. Aqui está um exemplo:
BrowserMatch ".*MSIE.*" IE_browser=yes
Header set X-UA-Compatible "IE=Edge,chrome=1" env=IE_browser
<FilesMatch "\.(js|css|gif|png|jpe?g|pdf|xml|oga|ogg|m4a|ogv|mp4|m4v|webm|svg|svgz|eot|ttf|otf|woff|ico|webp|appcache|manifest|htc|crx|oex|xpi|safariextz|vcf)$" >
Header unset X-UA-Compatible
</FilesMatch>