A execução do banco de dados com um nível de compatibilidade mais antigo não deve afetar negativamente o desempenho.
No entanto, pode haver outros efeitos colaterais. Lembro-me de um problema em que uma de nossas consultas usava o truque TOP 100 PERCENT
quando executava no SQL 2000 e, na atualização para 2005 (modo de compatibilidade w / 2000), essa consulta foi interrompida devido à equipe do SQL corrigir a "peculiaridade" .
A melhor coisa a fazer é executar o Database Upgrade Advisor para garantir que tudo funcionará conforme o esperado. Se você obtiver uma conta limpa de saúde com isso, não deverá encontrar inconvenientes em executar no modo de compatibilidade (além de não poder usar os novos recursos do 2008R2).