Você pode configurar o Cluster de Failover entre os hosts do Hyper-V (você precisará de armazenamento compartilhado) para que uma falha de host não afete a execução da VM em qualquer host específico. Se um host falhar, suas VMs passarão para o host restante.
No Hyper-V 3 (Windows Server 2012) há um novo recurso chamado Réplica do Hyper-V que replica uma VM em execução para uma VM "em espera" (ou réplica) e "faz failover" para a VM de reserva / réplica se a VM de origem falha.
Essas duas coisas juntas oferecem a tolerância a falhas do host e da VM.