Não há como fazer isso nativamente (que eu saiba), e é uma das razões pelas quais a maioria das grandes empresas mantém o IE. É mais fácil implantar e gerenciar por meio de ferramentas nativas do Windows, mesmo que seja uma droga, como um navegador.
Quando solicitado a fazer isso no passado, eu disse "não" e aconselharia o mesmo, mas, caso você não consiga, você pode fazer o script de algo com bastante facilidade para copiar um arquivo de favoritos criado anteriormente para o local apropriado para ambos os navegadores. Instale os dois, coloque os marcadores como quiser e copie os arquivos a serem implantados por um script ou GPO após a instalação do navegador.
Para o Chrome, o local que você procura é ...\Chrome\User Data\Default\
e há um arquivo chamado bookmarks
, que contém os favoritos.
Para o Firefox, é places.sqlite
e a localização padrão é %AppData%\Mozilla\Firefox\Profiles
. Este arquivo também mantém o histórico de navegação no Firefox, então é algo que você deve conhecer.
Eu provavelmente lidaria com isso com um GPP para ser aplicado uma vez, mas você está apenas substituindo um arquivo por outro, então há várias opções disponíveis para fazer isso; vá com o que você estiver mais familiarizado e confortável.