Concordo com @Zoredache, o Robocopy é tudo o que você precisa.
Tente isso no seu servidor 2008, para copiar um diretório para outro; incluindo segurança, atributos e carimbos de tempo ...
ROBOCOPY /SEC \source\share\folder \destination\share\folder
Para copiar tudo como acima, além das informações do proprietário e da auditoria ...
ROBOCOPY /COPYALL \source\share\folder \destination\share\folder
Mais informações ...
Se você quiser continuar usando o rsync, tente a opção --checksum. De acordo com a página do manual do rsync , "o Rsync localiza arquivos que precisam ser transferidos usando uma" verificação rápida " algoritmo (por padrão) que procura por arquivos que foram alterados em tamanho ou na hora da última modificação. " Embora eu não tenha certeza do motivo pelo qual o rsync não notaria a mudança de data e hora nos arquivos, é muito provável que o tamanho de um arquivo do Excel permaneça o mesmo entre as edições.