Dê uma olhada no CrushFTP. Pode ser executado em várias plataformas e tem um preço muito razoável. O suporte é ótimo e é muito rico em recursos. Há um teste gratuito disponível e o suporte é bom mesmo durante o julgamento. Suporta SFTP, FTPS e outros protocolos Acredito que a integração LDAP é suportada.
O Ypu pode configurar os usuários para que eles possam acessar os mesmos arquivos, mas com permissões diferentes.
O sistema enviará alertas com base em vários critérios, como upload ou download. Tem tantos recursos que você provavelmente precisará testar por algum tempo para explorar todas as opções.