O registro entre florestas pode ser feito seguindo o guia localizado no link . Isso copia os modelos e as entidades de segurança necessárias para oferecer suporte ao registro automático.
Advertência: Só usei isso para oferecer suporte a Inscrição na Web, por isso não verifiquei pessoalmente se ela pode ser enviada por meio da política de grupo. Dito isso, se não puder, sei que isso pode ser feito por meio de um script de inicialização que chama o CertUtil.