Para fins de arquivo:
Descobri que o webalizer tem uma seção onde posso checar os hits, arquivos, KBytes e visitas da lista de vhosts no meu Apache. A seção é "[Sites]"
Apenas certifique-se de usar um LogFormat que inclua o vhost, por exemplo:
LogFormat "%v:%p %h %l %u %t "%r" %>s %O "%{Referer}i" "%{User-Agent}i"" vhost_combined
O log aparece como: