Você provavelmente está perdendo a regra "stateful" crítica:
-A INPUT -m state --state ESTABLISHED,RELATED -j ACCEPT
Você também está perdendo uma regra para aceitar o ICMPv6. Sem o ICMPv6, o IPv6 simplesmente não funciona.
-A INPUT -p ipv6-icmp -j ACCEPT
Por motivos de desempenho, isso deve estar entre as regras mais antigas de sua cadeia.