Eu não usaria o Unison nesse caso, já que seu propósito principal é a sincronização bidirecional. Plain antigo rsync
fará o trabalho aqui. Isso sincronizará os arquivos da origem para o destino sem excluir os arquivos no destino (embora os arquivos no destino sejam sobrescritos como os da origem).
rsync --recursive --times --verbose source/ destination/