Se eu entendi sua pergunta, você está procurando uma maneira de aplicar um conjunto de restrições de permissão / negação a um conjunto de diretórios que podem não compartilhar um pai comum.
Você pode colocar todas as suas diretivas de permissão / negação em um arquivo separado (por exemplo, /etc/httpd/conf.d/accesslist
ou o que for mais adequado em sua distribuição) e usar o diretório Include
para incluir essas regras quando apropriado:
<Directory /some/directory>
Include /etc/httpd/conf.d/accesslist
</Directory>
<Directory /another/directory>
Include /etc/httpd/conf.d/accesslist
</Directory>
Mas se todos os seus diretórios compartilham uma configuração comum, você pode usar algo como mod_macro
para criar um modelo reutilizável com substituição de variável.