A resposta curta é que meu arquivo System.ni.dll foi danificado, eu o substituí e tudo está bem.
Lembrei-me de que deveria verificar novamente o log chkdsk que mantive listando os arquivos que foram danificados pela falha da unidade. Após a falha eu tinha transformado todos os ids de arquivo listados em arquivos caminhos / nomes e eu tinha substituído todos os 100 + arquivos que eu poderia de backup, mas com certeza quando voltei agora e olhei eu encontrei uma nota que enquanto eu tinha substituído 4 ou 5 arquivos relacionados ao .NET com sucesso, havia um desses arquivos que não consegui substituir porque estava "em uso" no momento. Aquele arquivo? System.ni.dll !!! Eu agora era capaz de substituir este arquivo de backup e voila minha instalação do .NET está de volta ao normal, aplicativos funcionam se perfilado ou não.
O mais frustrante é que, quando esse incidente ocorreu pela primeira vez, esperava-se que o problema se relacionasse a um arquivo danificado e, especificamente, a um arquivo chamado System.dll, que abrigava os métodos que falharam. E assim, eu fiz a diferença e retifiquei todos os arquivos denominados System.dll. Mas eu não percebi naquele momento que System.ni.dll foi uma manifestação nativa compilada de System.dll (ou algo assim). E porque eu tinha diffed e rediffed os diretórios relacionados .NET e não percebi isso (não faço idéia de como eu perdi) eu tinha desistido dessa abordagem.
Enfim ... longa história, foi um System.ni.dll danificado que causou meus problemas, um ou mais clusters dentro dele teve seu conteúdo substituído por 0x0 e isso só aconteceu para se manifestar como o problema estranho que eu observei .