Você não define um certificado SSL para o phpMyAdmin para HTTPS
- é um aplicativo da web - não é um servidor da web. O Nginx armazena os certificados e encerra / desembrulha o SSL.
A sessão HTTPS
que você está usando está entre o seu PC e o Nginx - não tem nada a ver com o phpMyAdmin. Seu vhost phpMyAdmin está usando o certificado que você definiu no Nginx.
HTTPS
! = SSL
em relação à configuração do phpMyAdmin.
A configuração a que você se refere é especificamente para uma conexão SSL
entre o phpMyAdmin e o MySQL - que, se estiver no localhost, não é muito relevante de qualquer maneira.
O token
na URL é normal para o phpMyAdmin armazenar sua sessão. Remova e perca sua sessão.